六十、俞大猷之子俞咨皋
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俞咨皋
字克迈，俞大猷之子。
明·万历三十七年（1609年）中武举，因父功袭卫指挥佥事，治军海坛（今平潭），后累官至福建总兵。
荷兰殖民者侵占澎湖
明·万历卅一年（1603年），荷兰殖民者首次派军舰侵入澎湖列岛；万历卅二年（1604年）被明军驱逐。
清·光绪《澎湖厅志·卷11》载：
“万历廿九年（1601年），有海澄人李锦及奸商潘秀、郭震久居外夷，语其酋曰：‘若欲通贡市，无如漳州者。漳南有澎湖屿，去海远，诚得此，贡市不难成也。'酋曰：“若守土官何？”曰：“税使高采嗜金甚，若厚贿之，彼特疏上闻，事必谐矣。”酋曰：“善。”锦乃代为国书移采，俾秀、震赍以进。守将陶拱圣大骇，系秀于狱，震逸去。
初，秀与酋约，如有成议，当遣舟相闻；而酋急不能待，卅一年（1603年）七月，即驾大舰直抵澎湖。时汛兵已撤，遂登陆伐木筑舍，为久居计。
（万历卅二年，1604年）会总兵施德政，令都司沈有容将兵往谕。有容负胆智，大声论说；夷人露刃相诘，有容无所慑，盛气与辩。酋心折曰：‘我从不闻此言。'时抚按严禁姦民接济，酋乃去。”
万历三十七年（1609年），荷兰又侵入澎湖。连横《台湾通史·卷13·军备志》载：“万历三十七年（1609年），荷人突入澎湖，嗣为总兵俞咨皋所逐。”
天启二年（1622年）六月（公历7月），荷兰殖民者再度派遣远征舰队司令（提督）雷尔生（sen，或译作“雷约兹”）率领军舰8艘（一说17艘），兵力2000人，从马宫（今马公）附近的红木埕登陆，入侵澎湖列岛，掳掠渔船600多艘，并役使当地居民1500人，修筑了4座城堡和许多炮台。被虐死者达1200多人，剩下侥幸没死的也被运到印尼爪哇卖作奴隶。
清·光绪《澎湖厅志·卷11》载：“天启二年，外寇据澎湖。”“万历末，外夷复入北港（属台湾岛）；天启二年，出据澎湖，筑城守之；又泊船风匮仔尾，出没浯屿、东淀间；海寇李旦复助之，海滨戒严。”
另有史料曰：“天启二年，荷兰出据澎湖，筑城守之，意求互市。守土官惧祸，说以毁城远徙，即许互市。红毛从之，毁其城，移舟去。巡抚商周祚以遵谕远徙上闻，然其据台湾者自若也。已而互市不成，红毛怨，复筑城，掠渔舟六百余，俾华人运土石助筑。寻犯厦门，官军御之，俘斩数人，乃诡词求款。再许毁城远徙，而修筑如故。已又泊舟风柜仔尾，出没浯屿、白坑、东椗、莆头、古雷、洪屿、沙洲、甲洲间。而海寇李旦复助之。滨海郡邑戒严。”
连横《台湾通史·卷13·军备志》载：“天启二年，（荷兰）复至，戍兵已撒，遂踞而有之。”“天启二年，荷将高文律乘戍兵单薄，以十余舟入澎湖，据焉。因山为城，环海为池，破浪长驱，肆毒漳、泉。”
荷兰殖民者占据澎湖后，一面不断要胁与福建互市（通商贸易）；一面又勾结海盗，骚扰厦门、海澄一带。
福建巡抚商周祚屡屡晓谕雷尔生，提议荷兰人退出澎湖迁往台湾来交换通商。据英国东印度公司档案1923年（天启三年）公历2月23日由寄呈董事会之信件称：“中国使节向荷兰人提议：荷兰人如愿放弃澎湖群岛，而迁往台湾，则可准其通商。该公使亦曾向我方提议，如我方愿往台湾，亦可同样通商。”但荷兰人因已在澎湖打下根基，雷尔生依仗着强悍的武力，不肯退让。
部议出兵
天启三年（1624年），继任福建巡抚南居益派遣使者至南洋爪哇巴达维亚城，与荷兰东印度公司论理。荷人竟口吐狂言，威胁说，已大集战舰澎湖群岛，如若中国朝廷不允其驻扎该岛，便兵戈相见。
南居益亲自视察海域，派俞咨皋、守备王梦熊等人带领军队先后在铜山（今福建东山）、厦门鼓浪屿海面击败来犯的荷兰海盗船，活捉而论那、牛文来律等七十名。并于天启三年（1623年）九月五日施行“海禁”。
福建巡抚南居益见荷兰人“筑城澎湖为持久计”，知道非以武力驱逐不可，态度转为强硬，召福建总兵俞咨皋商议后，决定采取武力對抗。
清·光绪《澎湖厅志·卷11》载：“天启四年（1624年），巡抚南居益上言：‘番船五艘复至，与风匮仔船合凡十一艘，其势愈炽，声言该国已大集战艘，议聚澎湖求互市。若不见许，必至构兵。为今日计，非用兵不可'；因列上调兵足饷方略。部议从之。”
另有资料载：“先是，居益上言：‘臣入境以来，闻番船五艘复至，与风柜仔船合凡十有一艘，其势愈炽。有小校陈士瑛者，先遣往咬吧宣谕其王，至三角屿，遇红毛船，言咬吧王已往阿南国，因与士瑛偕至大泥谒其王。王言：咬吧国主已大集战舰，议往澎湖求互市；若不见许，必至构兵。盖阿南即红毛番国，而咬吧、大泥与之合谋，必不可以理论。为今日计，非用兵不可。'因列上调兵足饷方略，部议从之。”
誓师渡海出击
天启四年（1624年）正月初二日(公历2月8日)正式誓师，南居益亲自浮海至金门，下令渡海出击澎湖。
总兵俞咨皋、守备王梦熊统率战船40多艘、兵卒2000人，以迅雷不及掩耳之势直逼澎湖，经由列岛北部的吉贝屿，一举拿下澎湖要冲镇海港，边筑城边战斗。荷军突遭猛击，由妈宫屿仓皇退到西南部的风柜尾屿，企图死守。
明·《熹宗实录》载：“天启四年正月初二日，繇吉贝突入镇海港，且击且筑，垒一石城为营。屡出奋攻，各有斩获，夷退守风柜一城。”
清·光绪《澎湖厅志·卷11》亦载：“（天启四年）正月，遣将先城镇海港，且筑且战。番人退守风匮城。”
风柜尾屿三面环海，陆上则与莳上屿一线可通，荷军于此屿掘沟列舰，严加防守。俞咨皋夺取妈宫屿后，继续攻击风柜尾屿。然风柜尾荷军炮台坚固如铁，久攻不下。
第二次增兵
俞咨皋向南居益建议，应另以明军兵船攻击荷船，取得海上优势，大军方可登陆。南居益见大明海上军力不若荷兰人，将打败荷兰人的重责大任寄托在郑芝龙身上，于是招安郑芝龙等，授以官职，命其牽制荷舰。
南居益请调精兵增援，并亲临海上督师。先行攻击敌舰，以战船、火船、舢板等将荷军巨舰团团包围，荷舰被击沉、击伤，逃上风柜尾，龟缩于炮台中，负隅顽抗。明船一接近白沙湾，荷兰军舰便施以炮击，若离开，荷舰则不予追击，俞咨皋无计可施。
《明·熹宗实录》载：“是月，南院发二次策应舟师，委加衔都司顾思忠等统领至彭湖镇海会齐，嗣是攻打无虚，而夷犹然不去。”
第三次增兵
到五月，澎湖仍未攻下来，荷兰人仍在坚守。明军不得不派出第二次增援部队100多艘战船，增兵至10000人，对荷兰侵略军形成包围之势，准备一举攻下澎湖。
《明·熹宗实录》载：“南军门虑师老财匮，于四月内又行巡海二道，亲历海上，会同漳、泉二道，督发第三次接应舟师。委海道孙国祯，督同水标刘游击、彭湖把总洪际元、洪应斗驾船，于五月二十八日到娘妈宫前……”
僵持
当时与荷兰人私下贸易的海商海盗团伙都在跃跃欲试想要支援荷兰人，他们正在聚集在澎湖海域上。俞咨皋曾就此事向南居益报告说：“今倭夷连和，奸盗党附，我孤军渡澎，宾主倒置，利害判于斯须，胜负殊难期必。事急矣！”
六月十五日(公历7月29日)，在得到新来的火铳部队支援后，俞咨皋率军再次发起总攻，一直打到风柜仔的红毛城下，用大炮轰击城堡，并断绝城内水源，然后又成僵持状态
议和
夏，荷兰提督雷尔生辞职，宋克(，或译作孙克)继任荷兰舰队司令。
公历8月3日，宋克抵达澎湖，他发现形势已十分严峻。据当时荷兰人写的《巴达维亚日记》(村上直次郎译注、中村孝志校注，东京平凡社，1974年)载，宋克报告说：“白沙岛驻有中国军约四千人与兵船一百五十艘，以后兵数逐渐增加，至是月中旬，增至一万，进出澎湖岛。荷兰人虽将台窝湾（今台湾安平）之砦破坏，调回其守备兵，然白人不过八百五十人，其中少年兵有一百十一人，病人亦属不少，到底难以对抗。”
当时明军坚持战斗的决心已使宋克对局势有更深刻的认识，而且明军拥有10：1的人力优势！《巴达维亚日记》载：宋克承认“中国人不但拥有一万人及包括战船、击沉船、火船等合计戎克船二百艘，而且中国对我方有令人难以置信之戎克船兵士等大量准备，盖战争系奉中国国王之特命所行……我们若不肯离开，他们诉诸武力，直到将我们从澎湖岛逐出中国境外为止”。所以，宋克认为荷兰方面没有派来支援力量，自己部队再继续战斗下去已没有希望了，必须谈判解决这场冲突。
当时，明朝政府正面临农民大起义和东北满族力量日益强大的威胁，无力顾及台湾防务，鏖战八个月后，明朝已支出军费十七万七千余两，造成财政困难；而荷兰亦面临孤立无援的窘境。
七月初二日(公历8月15日)，在中国海商李旦的斡旋下，宋克乃与明军主帅（总兵）俞咨皋进行和谈。
《巴达维亚城日记》纪录当时达成荷兰退军的条件是：①荷兰从澎湖岛撤离；②明朝对荷兰占领台湾不表异议；③保障荷兰与中国通商。
中国的文献虽然都只提到荷人撤军是南居益力战之功，是荷军“食尽计穷，始悔过乞降，拆城夜遁”、“彭湖信地，仍归版图”，但也留下默许荷军占领台湾的蜘丝马迹。顾祖禹【读史方舆记要·卷99】提到：“总兵俞咨皋者，用间移红夷于北港(台湾地名)，乃复得澎湖。”说明双方约以荷兰如放弃澎湖，则明朝对其占领台湾不表异议。
此举反映出明人缺乏对台湾的主权意识。经长期闭关自守、实施海禁之后，明人不了解国际情势的转变，心目中仍只有澎湖，明初洪武帝实施海禁，裁撤澎湖巡检司，强迫澎湖居民迁往内地，与台湾联系的机会大为降低。明·给事中何楷疏《春明梦馀录》的记载，就反映了一般明朝官员的观念：“台湾在澎湖岛外，水路距漳、泉约两日夜?其地广衍高腴，可比一大县；中国版图所不载?”所以明朝统治阶层认为台湾既然不在版图之内，被荷兰人先占了也无关紧要。
从现有史料看，同意荷兰人对台湾的占领，只是俞咨皋等地方官员的私下承诺，未经上报朝廷批准。
《巴达维亚城日记》记载，荷兰人占领台湾后不久，就同日本人发生冲突，因为日本人反对向他交纳关税。在争执中，荷兰人指出：“台湾土地不属于日本人，而是属于中国皇帝，中国皇帝已将土地赐予东印度公司，作为我们从澎湖撤退的条件”，现在东印度公司已成为主人，日本人应当向他们纳税。从这些话可以看出，当时荷兰人承认台湾是中国领土，但他们说中国皇帝已将土地赐予他们，则不是事实。因为那是俞咨皋等地方官员的私下承诺，未经上报朝廷批准。所以《巴达维亚城日记》又指出：“中国人已获准前往台湾(指安平)与我方贸易，但宫廷并未公开许可，而军门、都督及大官则予以默许。”。从日记还可看出，当时只答应台南的安平港，并没有答应整个台湾。
荷兰人撤离澎湖
七月初三日(公历8月16日)，明军大发兵，南居益命谢隆仪、俞咨皋、王梦熊三路齐进，直逼夷城，荷兰人不得不同意撤离。
《明实录闽海关系史料》述：“初三日，我兵（明军）直逼夷城（马公），改分兵三路齐进；而夷恐甚，高文律随竖白旗，差通事同夷目至娘马宫哀禀……并无作歹；乞缓进师，容运粮米上船，即拆城还城。孙海道（孙国祯）恐攻急，彼必死斗，不如先复信地后一网尽之为稳，姑许之。”
七月十三日（公历8月26日），荷兰人开始拆城，将建筑材料、大米、武器及其他财物转移至“大员”(荷人称之为—“台窝湾”，今台湾安平)，携同驻台湾第一任长官马蒂孙克从鹿耳门（今安平港口，时荷兰人称为)登陆，建立新的商务据点。
《明实录闽海关系史料》述：“夷果于十三日拆起，运米下船；止东门大楼三层为旧高文律所居，尚留恋不忍。乃督王梦熊等直抵风柜，尽行拆毁。夷船十三只，俱向东番（台湾）遁去。”
清·光绪《澎湖厅志·卷11》载：“居益大发兵，命总兵俞咨皋督诸军齐进。寇势窘，两遣使求援兵，容云米入舟即去。诸将许之，遂扬帆去。独渠帅高文律（或译作“葛温津”）十二人据高楼自守，诸将悉力破擒之，献俘于朝。澎湖之警以息。”
从此荷兰退出澎湖，转进台湾，开始在台湾南部三十八年的盤踞，彻底改变了台湾的历史命运。《康熙戡定台湾记》论及：“荷兰红毛夷求香山、求澎湖于中国而不得，乃以重币啖倭，求台湾一互市地。”
此战明军三次增兵，战事拖延了八个月时间，拥有10倍于敌的兵力却始终不能攻占荷兰人的要塞，最后以围困战术逼退荷兰人。这次战役海上交锋的事迹几乎没有，明军扬长避短以自己的优势陆军来决定战斗胜负，在战争计谋方面做的不错，总算收回了澎湖。但是由于朝政腐败军备松弛的情况已经表露出来很多了。
分兵防守澎湖
连横《台湾通史·卷13·军备志》载：
“总兵俞咨皋逐之，乃复澎湖，筑城暗澳，高丈有七，厚丈有八，东西南各辟一门，北设炮台，内盖衙宇，建营房，凿井驻兵，以控制妈宫。妈宫之左为风柜山，高七八尺。荷人凿其中，垒土若雉堞，毁之。
分军以戍，与案山、西垵相犄角，东为嵵上澳、猪母落水。当南之冲，旧有舟师戍之，亦筑铳城，以防横突。西为西屿，北为北山墩，又北为太武，稍卑为赤嵌，循港而进为镇海港，垒城其中，以扼海道。
其防守也如此。”
以夷制盗
天启五年（1625年），有海寇“伪用宽和年号，元帅、将军等旗帜，自称红夷第一哨，连入犯。”
天启六年（1626年），浙江海面出现“海寇林七老等纠合红夷，伪称王号，扬帆海面，御货杀敌。”
天启六年（1626年）十一月，闽广沿海一带海寇招徒结党，称王称国，其中以杨六、蔡三、钟六等最为雄强。福建与广东海军南北夹攻，于是蔡三走日本，钟六赴东番，而杨六率三千多人、大小战船七十二艘，向福建总兵俞咨皋乞降，愿讨贼自效。
天启年间，郑芝龙集团在台湾建立了基地后，想直接在大陆沿海有个基地发展贸易，曾多次打击福建沿海的明军，突袭金、厦明军水师，还在同安境内竖旗招兵，几日内招到几千人。
福建官员无奈中又想起了“以夷制盗”的招数。福建巡抚朱一冯图谋与荷兰人勾结，“以夷攻贼”，消灭郑芝龙的海上势力。
天启七年(1627年)，福建总兵俞咨皋主持的“以夷制盗”政策开始执行。他以书面允诺荷兰人一定可以获得皇帝的准许与中过贸易，派人勾引他们出兵攻打郑芝龙。
天启七年（1627年）十月，荷兰驻台第二任长官韦特见机不可失，便拼凑所有在台船舰士兵，开往福建铜山岛攻打郑军。郑芝龙对官夷勾结很恼火，毫不留情予以还击，出动“火船”攻击荷兰舰队。荷兰韦特司令临阵脱逃，不发一炮，便率领二艘军舰逃返巴达维亚。双方海战，郑芝龙烧毁荷兰快艇奥沃克号，捕获西卡佩尔号等四艘舰船。这次海战，是荷兰殖民者第一次以台湾为基地进犯大陆，但以惨败告终，“不得不退却”。
当月，郑芝龙、钟斌缓过手后，以总兵俞咨皋勾夷激之为由，迅即破海澄，入中左所（今厦门）。郑船甚众，遍于漳、泉，咨皋度不支，越城宵遁回郡（泉州）。或曰：芝龙故有求抚之意，欲微达于明兵，乃舍先春不追，获卢游击不杀；又自旧镇进至中左所，督帅俞咨皋战败，纵之走。郑军将明金厦水师的船只一把火统统烧了，“全闽为之震动”。
从此，郑芝龙掌握了台湾海峡福建一边的制海权，荷兰船只不敢驶近福建海岸，一出现人、船就要被截获，而明朝水师更是退缩到港口内。
为郑芝龙事下狱、革职
《明史·列传148·熊文灿》载：“熊文灿……崇祯元年起福建左布政使。三月，就拜右佥都御史，巡抚其地。海上故多剧盗，袁进、李忠既降，杨六、杨七及郑芝龙继起。总兵官俞咨皋招六、七降，芝龙猖獗如故。然芝龙常败都司洪先春，释不追；获一游击，不杀；咨皋战败，纵之走。当事知其可抚，遣使谕降之。”
郑芝龙屡破官兵，占领中左所（今厦门）后，已经坐大，成为一支官府无法控制的力量。当时，将全部罪过归之于俞咨皋。
初，巡抚朱钦相招抚海寇杨六、杨七等，郑芝龙求返內地，杨六绐其金不为通，郑芝龙遂流劫海上。
《國榷》载：“天启六年七月己亥，福建总兵俞咨皋议抚海寇杨禄（杨六）、杨策（杨七）等，抚按皆从之。自是，贼日甚。”
《长编》载：“崇祯元年正月己丑，时闽寇郑芝龙猖獗海上，闽人多言闽帅俞咨皋实致之。”
《漳州府志·卷27·宦绩4·明把总·蔡以藩》载：“蔡以藩，泉州人……崇祯间，授海澄营把总。视师甫三日，贼入寇……援绝，以藩力战死。……澄人相率诣郡，请立祠以表忠魂。郡守施邦曜署其牍曰：‘坐以藩香火堂上而塑二逃帅俞咨皋、陈文跪於庭。'事随不果，正自有关风教，人传以为美谈。”
崇祯元年（1628年）正月，工科给事中颜继祖弹劾俞咨皋。
疏曰：“海盗郑芝龙生长于泉（泉州），聚徒数万，劫富施贫，民不畏官而畏盗。总兵俞咨皋招抚之议，实饱贼囊。旧抚朱钦相听其收海盗杨六、杨七以为用。夫抚寇之后，必散于原籍。而咨皋招之海，即置之海，今日受抚，明日为寇。昨岁中左所之变，杨六、杨七杳然无踪，咨皋始缩舌无辞，故闽帅（俞咨皋）不可不去也。”
又曰：“钱神有灵，冰山足倚，听强寇蹂躏内地同安、海澄间，故闽帅不可不去。”
疏入，逮咨皋下于大理寺。
《明史·列传139·钱龙锡》载：“庄烈帝（思宗·朱由检）即位……海寇犯中左所，总兵官俞咨皋弃城遁，罪当诛。”
三月，福建巡抚朱一冯罢官，由熊文灿接任；俞咨皋本拟死罪，后免死，革去世袭军职。
崇祯元年（1628年）十一月刑科给事中刘斯涞为朱一冯鸣不平时，尽管是年九月郑芝龙已受抚于新任巡抚熊文灿，仍将罪过归于俞咨皋。“言：‘八闽寇乱，肇自俞咨皋而借抚修剿，旧抚朱钦相实多苦心，何以有薏苡之疑？朱一冯受事于库藏如洗之日，指臂不灵，姑以病请，何以坐规避之条？以身危奉上之抚臣，反代逐贼脱逃之秽并分过，又宁有为国家任事者乎！'帝责其代辩，不听。”
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俞咨皋
字克迈，俞大猷之子。
明·万历三十七年（1609年）中武举，因父功袭卫指挥佥事，治军海坛（今平潭），后累官至福建总兵。
荷兰殖民者侵占澎湖
明·万历卅一年（1603年），荷兰殖民者首次派军舰侵入澎湖列岛；万历卅二年（1604年）被明军驱逐。
清·光绪《澎湖厅志·卷11》载：
“万历廿九年（1601年），有海澄人李锦及奸商潘秀、郭震久居外夷，语其酋曰：‘若欲通贡市，无如漳州者。漳南有澎湖屿，去海远，诚得此，贡市不难成也。'酋曰：“若守土官何？”曰：“税使高采嗜金甚，若厚贿之，彼特疏上闻，事必谐矣。”酋曰：“善。”锦乃代为国书移采，俾秀、震赍以进。守将陶拱圣大骇，系秀于狱，震逸去。
初，秀与酋约，如有成议，当遣舟相闻；而酋急不能待，卅一年（1603年）七月，即驾大舰直抵澎湖。时汛兵已撤，遂登陆伐木筑舍，为久居计。
（万历卅二年，1604年）会总兵施德政，令都司沈有容将兵往谕。有容负胆智，大声论说；夷人露刃相诘，有容无所慑，盛气与辩。酋心折曰：‘我从不闻此言。'时抚按严禁姦民接济，酋乃去。”
万历三十七年（1609年），荷兰又侵入澎湖。连横《台湾通史·卷13·军备志》载：“万历三十七年（1609年），荷人突入澎湖，嗣为总兵俞咨皋所逐。”
天启二年（1622年）六月（公历7月），荷兰殖民者再度派遣远征舰队司令（提督）雷尔生（sen，或译作“雷约兹”）率领军舰8艘（一说17艘），兵力2000人，从马宫（今马公）附近的红木埕登陆，入侵澎湖列岛，掳掠渔船600多艘，并役使当地居民1500人，修筑了4座城堡和许多炮台。被虐死者达1200多人，剩下侥幸没死的也被运到印尼爪哇卖作奴隶。
清·光绪《澎湖厅志·卷11》载：“天启二年，外寇据澎湖。”“万历末，外夷复入北港（属台湾岛）；天启二年，出据澎湖，筑城守之；又泊船风匮仔尾，出没浯屿、东淀间；海寇李旦复助之，海滨戒严。”
另有史料曰：“天启二年，荷兰出据澎湖，筑城守之，意求互市。守土官惧祸，说以毁城远徙，即许互市。红毛从之，毁其城，移舟去。巡抚商周祚以遵谕远徙上闻，然其据台湾者自若也。已而互市不成，红毛怨，复筑城，掠渔舟六百余，俾华人运土石助筑。寻犯厦门，官军御之，俘斩数人，乃诡词求款。再许毁城远徙，而修筑如故。已又泊舟风柜仔尾，出没浯屿、白坑、东椗、莆头、古雷、洪屿、沙洲、甲洲间。而海寇李旦复助之。滨海郡邑戒严。”
连横《台湾通史·卷13·军备志》载：“天启二年，（荷兰）复至，戍兵已撒，遂踞而有之。”“天启二年，荷将高文律乘戍兵单薄，以十余舟入澎湖，据焉。因山为城，环海为池，破浪长驱，肆毒漳、泉。”
荷兰殖民者占据澎湖后，一面不断要胁与福建互市（通商贸易）；一面又勾结海盗，骚扰厦门、海澄一带。
福建巡抚商周祚屡屡晓谕雷尔生，提议荷兰人退出澎湖迁往台湾来交换通商。据英国东印度公司档案1923年（天启三年）公历2月23日由寄呈董事会之信件称：“中国使节向荷兰人提议：荷兰人如愿放弃澎湖群岛，而迁往台湾，则可准其通商。该公使亦曾向我方提议，如我方愿往台湾，亦可同样通商。”但荷兰人因已在澎湖打下根基，雷尔生依仗着强悍的武力，不肯退让。
部议出兵
天启三年（1624年），继任福建巡抚南居益派遣使者至南洋爪哇巴达维亚城，与荷兰东印度公司论理。荷人竟口吐狂言，威胁说，已大集战舰澎湖群岛，如若中国朝廷不允其驻扎该岛，便兵戈相见。
南居益亲自视察海域，派俞咨皋、守备王梦熊等人带领军队先后在铜山（今福建东山）、厦门鼓浪屿海面击败来犯的荷兰海盗船，活捉而论那、牛文来律等七十名。并于天启三年（1623年）九月五日施行“海禁”。
福建巡抚南居益见荷兰人“筑城澎湖为持久计”，知道非以武力驱逐不可，态度转为强硬，召福建总兵俞咨皋商议后，决定采取武力對抗。
清·光绪《澎湖厅志·卷11》载：“天启四年（1624年），巡抚南居益上言：‘番船五艘复至，与风匮仔船合凡十一艘，其势愈炽，声言该国已大集战艘，议聚澎湖求互市。若不见许，必至构兵。为今日计，非用兵不可'；因列上调兵足饷方略。部议从之。”
另有资料载：“先是，居益上言：‘臣入境以来，闻番船五艘复至，与风柜仔船合凡十有一艘，其势愈炽。有小校陈士瑛者，先遣往咬吧宣谕其王，至三角屿，遇红毛船，言咬吧王已往阿南国，因与士瑛偕至大泥谒其王。王言：咬吧国主已大集战舰，议往澎湖求互市；若不见许，必至构兵。盖阿南即红毛番国，而咬吧、大泥与之合谋，必不可以理论。为今日计，非用兵不可。'因列上调兵足饷方略，部议从之。”
誓师渡海出击
天启四年（1624年）正月初二日(公历2月8日)正式誓师，南居益亲自浮海至金门，下令渡海出击澎湖。
总兵俞咨皋、守备王梦熊统率战船40多艘、兵卒2000人，以迅雷不及掩耳之势直逼澎湖，经由列岛北部的吉贝屿，一举拿下澎湖要冲镇海港，边筑城边战斗。荷军突遭猛击，由妈宫屿仓皇退到西南部的风柜尾屿，企图死守。
明·《熹宗实录》载：“天启四年正月初二日，繇吉贝突入镇海港，且击且筑，垒一石城为营。屡出奋攻，各有斩获，夷退守风柜一城。”
清·光绪《澎湖厅志·卷11》亦载：“（天启四年）正月，遣将先城镇海港，且筑且战。番人退守风匮城。”
风柜尾屿三面环海，陆上则与莳上屿一线可通，荷军于此屿掘沟列舰，严加防守。俞咨皋夺取妈宫屿后，继续攻击风柜尾屿。然风柜尾荷军炮台坚固如铁，久攻不下。
第二次增兵
俞咨皋向南居益建议，应另以明军兵船攻击荷船，取得海上优势，大军方可登陆。南居益见大明海上军力不若荷兰人，将打败荷兰人的重责大任寄托在郑芝龙身上，于是招安郑芝龙等，授以官职，命其牽制荷舰。
南居益请调精兵增援，并亲临海上督师。先行攻击敌舰，以战船、火船、舢板等将荷军巨舰团团包围，荷舰被击沉、击伤，逃上风柜尾，龟缩于炮台中，负隅顽抗。明船一接近白沙湾，荷兰军舰便施以炮击，若离开，荷舰则不予追击，俞咨皋无计可施。
《明·熹宗实录》载：“是月，南院发二次策应舟师，委加衔都司顾思忠等统领至彭湖镇海会齐，嗣是攻打无虚，而夷犹然不去。”
第三次增兵
到五月，澎湖仍未攻下来，荷兰人仍在坚守。明军不得不派出第二次增援部队100多艘战船，增兵至10000人，对荷兰侵略军形成包围之势，准备一举攻下澎湖。
《明·熹宗实录》载：“南军门虑师老财匮，于四月内又行巡海二道，亲历海上，会同漳、泉二道，督发第三次接应舟师。委海道孙国祯，督同水标刘游击、彭湖把总洪际元、洪应斗驾船，于五月二十八日到娘妈宫前……”
僵持
当时与荷兰人私下贸易的海商海盗团伙都在跃跃欲试想要支援荷兰人，他们正在聚集在澎湖海域上。俞咨皋曾就此事向南居益报告说：“今倭夷连和，奸盗党附，我孤军渡澎，宾主倒置，利害判于斯须，胜负殊难期必。事急矣！”
六月十五日(公历7月29日)，在得到新来的火铳部队支援后，俞咨皋率军再次发起总攻，一直打到风柜仔的红毛城下，用大炮轰击城堡，并断绝城内水源，然后又成僵持状态
议和
夏，荷兰提督雷尔生辞职，宋克(，或译作孙克)继任荷兰舰队司令。
公历8月3日，宋克抵达澎湖，他发现形势已十分严峻。据当时荷兰人写的《巴达维亚日记》(村上直次郎译注、中村孝志校注，东京平凡社，1974年)载，宋克报告说：“白沙岛驻有中国军约四千人与兵船一百五十艘，以后兵数逐渐增加，至是月中旬，增至一万，进出澎湖岛。荷兰人虽将台窝湾（今台湾安平）之砦破坏，调回其守备兵，然白人不过八百五十人，其中少年兵有一百十一人，病人亦属不少，到底难以对抗。”
当时明军坚持战斗的决心已使宋克对局势有更深刻的认识，而且明军拥有10：1的人力优势！《巴达维亚日记》载：宋克承认“中国人不但拥有一万人及包括战船、击沉船、火船等合计戎克船二百艘，而且中国对我方有令人难以置信之戎克船兵士等大量准备，盖战争系奉中国国王之特命所行……我们若不肯离开，他们诉诸武力，直到将我们从澎湖岛逐出中国境外为止”。所以，宋克认为荷兰方面没有派来支援力量，自己部队再继续战斗下去已没有希望了，必须谈判解决这场冲突。
当时，明朝政府正面临农民大起义和东北满族力量日益强大的威胁，无力顾及台湾防务，鏖战八个月后，明朝已支出军费十七万七千余两，造成财政困难；而荷兰亦面临孤立无援的窘境。
七月初二日(公历8月15日)，在中国海商李旦的斡旋下，宋克乃与明军主帅（总兵）俞咨皋进行和谈。
《巴达维亚城日记》纪录当时达成荷兰退军的条件是：①荷兰从澎湖岛撤离；②明朝对荷兰占领台湾不表异议；③保障荷兰与中国通商。
中国的文献虽然都只提到荷人撤军是南居益力战之功，是荷军“食尽计穷，始悔过乞降，拆城夜遁”、“彭湖信地，仍归版图”，但也留下默许荷军占领台湾的蜘丝马迹。顾祖禹【读史方舆记要·卷99】提到：“总兵俞咨皋者，用间移红夷于北港(台湾地名)，乃复得澎湖。”说明双方约以荷兰如放弃澎湖，则明朝对其占领台湾不表异议。
此举反映出明人缺乏对台湾的主权意识。经长期闭关自守、实施海禁之后，明人不了解国际情势的转变，心目中仍只有澎湖，明初洪武帝实施海禁，裁撤澎湖巡检司，强迫澎湖居民迁往内地，与台湾联系的机会大为降低。明·给事中何楷疏《春明梦馀录》的记载，就反映了一般明朝官员的观念：“台湾在澎湖岛外，水路距漳、泉约两日夜?其地广衍高腴，可比一大县；中国版图所不载?”所以明朝统治阶层认为台湾既然不在版图之内，被荷兰人先占了也无关紧要。
从现有史料看，同意荷兰人对台湾的占领，只是俞咨皋等地方官员的私下承诺，未经上报朝廷批准。
《巴达维亚城日记》记载，荷兰人占领台湾后不久，就同日本人发生冲突，因为日本人反对向他交纳关税。在争执中，荷兰人指出：“台湾土地不属于日本人，而是属于中国皇帝，中国皇帝已将土地赐予东印度公司，作为我们从澎湖撤退的条件”，现在东印度公司已成为主人，日本人应当向他们纳税。从这些话可以看出，当时荷兰人承认台湾是中国领土，但他们说中国皇帝已将土地赐予他们，则不是事实。因为那是俞咨皋等地方官员的私下承诺，未经上报朝廷批准。所以《巴达维亚城日记》又指出：“中国人已获准前往台湾(指安平)与我方贸易，但宫廷并未公开许可，而军门、都督及大官则予以默许。”。从日记还可看出，当时只答应台南的安平港，并没有答应整个台湾。
荷兰人撤离澎湖
七月初三日(公历8月16日)，明军大发兵，南居益命谢隆仪、俞咨皋、王梦熊三路齐进，直逼夷城，荷兰人不得不同意撤离。
《明实录闽海关系史料》述：“初三日，我兵（明军）直逼夷城（马公），改分兵三路齐进；而夷恐甚，高文律随竖白旗，差通事同夷目至娘马宫哀禀……并无作歹；乞缓进师，容运粮米上船，即拆城还城。孙海道（孙国祯）恐攻急，彼必死斗，不如先复信地后一网尽之为稳，姑许之。”
七月十三日（公历8月26日），荷兰人开始拆城，将建筑材料、大米、武器及其他财物转移至“大员”(荷人称之为—“台窝湾”，今台湾安平)，携同驻台湾第一任长官马蒂孙克从鹿耳门（今安平港口，时荷兰人称为)登陆，建立新的商务据点。
《明实录闽海关系史料》述：“夷果于十三日拆起，运米下船；止东门大楼三层为旧高文律所居，尚留恋不忍。乃督王梦熊等直抵风柜，尽行拆毁。夷船十三只，俱向东番（台湾）遁去。”
清·光绪《澎湖厅志·卷11》载：“居益大发兵，命总兵俞咨皋督诸军齐进。寇势窘，两遣使求援兵，容云米入舟即去。诸将许之，遂扬帆去。独渠帅高文律（或译作“葛温津”）十二人据高楼自守，诸将悉力破擒之，献俘于朝。澎湖之警以息。”
从此荷兰退出澎湖，转进台湾，开始在台湾南部三十八年的盤踞，彻底改变了台湾的历史命运。《康熙戡定台湾记》论及：“荷兰红毛夷求香山、求澎湖于中国而不得，乃以重币啖倭，求台湾一互市地。”
此战明军三次增兵，战事拖延了八个月时间，拥有10倍于敌的兵力却始终不能攻占荷兰人的要塞，最后以围困战术逼退荷兰人。这次战役海上交锋的事迹几乎没有，明军扬长避短以自己的优势陆军来决定战斗胜负，在战争计谋方面做的不错，总算收回了澎湖。但是由于朝政腐败军备松弛的情况已经表露出来很多了。
分兵防守澎湖
连横《台湾通史·卷13·军备志》载：
“总兵俞咨皋逐之，乃复澎湖，筑城暗澳，高丈有七，厚丈有八，东西南各辟一门，北设炮台，内盖衙宇，建营房，凿井驻兵，以控制妈宫。妈宫之左为风柜山，高七八尺。荷人凿其中，垒土若雉堞，毁之。
分军以戍，与案山、西垵相犄角，东为嵵上澳、猪母落水。当南之冲，旧有舟师戍之，亦筑铳城，以防横突。西为西屿，北为北山墩，又北为太武，稍卑为赤嵌，循港而进为镇海港，垒城其中，以扼海道。
其防守也如此。”
以夷制盗
天启五年（1625年），有海寇“伪用宽和年号，元帅、将军等旗帜，自称红夷第一哨，连入犯。”
天启六年（1626年），浙江海面出现“海寇林七老等纠合红夷，伪称王号，扬帆海面，御货杀敌。”
天启六年（1626年）十一月，闽广沿海一带海寇招徒结党，称王称国，其中以杨六、蔡三、钟六等最为雄强。福建与广东海军南北夹攻，于是蔡三走日本，钟六赴东番，而杨六率三千多人、大小战船七十二艘，向福建总兵俞咨皋乞降，愿讨贼自效。
天启年间，郑芝龙集团在台湾建立了基地后，想直接在大陆沿海有个基地发展贸易，曾多次打击福建沿海的明军，突袭金、厦明军水师，还在同安境内竖旗招兵，几日内招到几千人。
福建官员无奈中又想起了“以夷制盗”的招数。福建巡抚朱一冯图谋与荷兰人勾结，“以夷攻贼”，消灭郑芝龙的海上势力。
天启七年(1627年)，福建总兵俞咨皋主持的“以夷制盗”政策开始执行。他以书面允诺荷兰人一定可以获得皇帝的准许与中过贸易，派人勾引他们出兵攻打郑芝龙。
天启七年（1627年）十月，荷兰驻台第二任长官韦特见机不可失，便拼凑所有在台船舰士兵，开往福建铜山岛攻打郑军。郑芝龙对官夷勾结很恼火，毫不留情予以还击，出动“火船”攻击荷兰舰队。荷兰韦特司令临阵脱逃，不发一炮，便率领二艘军舰逃返巴达维亚。双方海战，郑芝龙烧毁荷兰快艇奥沃克号，捕获西卡佩尔号等四艘舰船。这次海战，是荷兰殖民者第一次以台湾为基地进犯大陆，但以惨败告终，“不得不退却”。
当月，郑芝龙、钟斌缓过手后，以总兵俞咨皋勾夷激之为由，迅即破海澄，入中左所（今厦门）。郑船甚众，遍于漳、泉，咨皋度不支，越城宵遁回郡（泉州）。或曰：芝龙故有求抚之意，欲微达于明兵，乃舍先春不追，获卢游击不杀；又自旧镇进至中左所，督帅俞咨皋战败，纵之走。郑军将明金厦水师的船只一把火统统烧了，“全闽为之震动”。
从此，郑芝龙掌握了台湾海峡福建一边的制海权，荷兰船只不敢驶近福建海岸，一出现人、船就要被截获，而明朝水师更是退缩到港口内。
为郑芝龙事下狱、革职
《明史·列传148·熊文灿》载：“熊文灿……崇祯元年起福建左布政使。三月，就拜右佥都御史，巡抚其地。海上故多剧盗，袁进、李忠既降，杨六、杨七及郑芝龙继起。总兵官俞咨皋招六、七降，芝龙猖獗如故。然芝龙常败都司洪先春，释不追；获一游击，不杀；咨皋战败，纵之走。当事知其可抚，遣使谕降之。”
郑芝龙屡破官兵，占领中左所（今厦门）后，已经坐大，成为一支官府无法控制的力量。当时，将全部罪过归之于俞咨皋。
初，巡抚朱钦相招抚海寇杨六、杨七等，郑芝龙求返內地，杨六绐其金不为通，郑芝龙遂流劫海上。
《國榷》载：“天启六年七月己亥，福建总兵俞咨皋议抚海寇杨禄（杨六）、杨策（杨七）等，抚按皆从之。自是，贼日甚。”
《长编》载：“崇祯元年正月己丑，时闽寇郑芝龙猖獗海上，闽人多言闽帅俞咨皋实致之。”
《漳州府志·卷27·宦绩4·明把总·蔡以藩》载：“蔡以藩，泉州人……崇祯间，授海澄营把总。视师甫三日，贼入寇……援绝，以藩力战死。……澄人相率诣郡，请立祠以表忠魂。郡守施邦曜署其牍曰：‘坐以藩香火堂上而塑二逃帅俞咨皋、陈文跪於庭。'事随不果，正自有关风教，人传以为美谈。”
崇祯元年（1628年）正月，工科给事中颜继祖弹劾俞咨皋。
疏曰：“海盗郑芝龙生长于泉（泉州），聚徒数万，劫富施贫，民不畏官而畏盗。总兵俞咨皋招抚之议，实饱贼囊。旧抚朱钦相听其收海盗杨六、杨七以为用。夫抚寇之后，必散于原籍。而咨皋招之海，即置之海，今日受抚，明日为寇。昨岁中左所之变，杨六、杨七杳然无踪，咨皋始缩舌无辞，故闽帅（俞咨皋）不可不去也。”
又曰：“钱神有灵，冰山足倚，听强寇蹂躏内地同安、海澄间，故闽帅不可不去。”
疏入，逮咨皋下于大理寺。
《明史·列传139·钱龙锡》载：“庄烈帝（思宗·朱由检）即位……海寇犯中左所，总兵官俞咨皋弃城遁，罪当诛。”
三月，福建巡抚朱一冯罢官，由熊文灿接任；俞咨皋本拟死罪，后免死，革去世袭军职。
崇祯元年（1628年）十一月刑科给事中刘斯涞为朱一冯鸣不平时，尽管是年九月郑芝龙已受抚于新任巡抚熊文灿，仍将罪过归于俞咨皋。“言：‘八闽寇乱，肇自俞咨皋而借抚修剿，旧抚朱钦相实多苦心，何以有薏苡之疑？朱一冯受事于库藏如洗之日，指臂不灵，姑以病请，何以坐规避之条？以身危奉上之抚臣，反代逐贼脱逃之秽并分过，又宁有为国家任事者乎！'帝责其代辩，不听。”
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